CONAFOVICER tiene como órgano de gobierno su Directorio el que se encuentra conformado por:
- Un Representante del Ministerio de Vivienda, Construcción y Saneamiento, quien ejerce la Presidencia
- Un Representante del Ministerio de Trabajo y Promoción Social, quien ejerce la Vicepresidencia.
- Un Representante de CAPECO, quien ejerce el cargo de Director Técnico.
- Cuatro representantes de la FTCCP.
La colaboración de los tres sectores representados en el CONAFOVICER constituye la base de los logros obtenidos a la fecha. El Estado como ente normativo del sector, los trabajadores con su esforzado aporte y los empleadores que colaboran con efectuar la retención y depositarla oportunamente.